活佛转世是藏传佛教特有的传承方式，公元13世纪，噶玛噶举派的黑帽系首领圆寂后，该派推举一幼童为转世继承人，从而创立了活佛转世的办法，此后各教派先后效法。公元14、15世纪之交，藏传佛教格鲁派创立，并逐渐形成了达赖喇嘛和班禅额尔德尼两大活佛系统。经过中国清王朝中央政府的册封和认定，达赖喇嘛和班禅额尔德尼在藏传佛教中的地位才得以确立。
格鲁派创始人宗喀巴的最小弟子根敦朱巴圆寂后，为防止内部分裂，于是袭用噶玛噶举派的转世办法，由根敦朱巴的亲属及部分高僧指定后藏+更多解释...达纳地方出生的一名男孩为根敦朱巴的转世，这就是二世达赖根敦嘉措。由此形成达赖喇嘛活佛转世系统。达赖喇嘛的尊号始用于三世达赖索南嘉措时期。1578年，明王朝顺义王俺答汗赐予索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号。此后，格鲁派依此称号追认根敦朱巴、根敦嘉措分别为第一世、第二世达赖喇嘛。1653年，清王朝顺治帝册封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，以中央政府的册封形式确定了达赖喇嘛的封号和地位。此后，历世达赖喇嘛都必须经中央政府册封才能得以确认，成为一项历史定制。
宗喀巴的另一著名弟子克珠杰·格勒巴桑，即一世班禅，年长根敦朱巴六岁，且早拜师八年，对创立格鲁派有杰出贡献，因此连同宗喀巴及宗喀巴的另一著名弟子甲曹杰被藏族宗教界合称为“师徒三尊”。1645年，固始汗（清王朝驻西藏的地方首领）赠予罗桑曲结“班禅博克多”的尊号。这是班禅名号的正式开端。其前三世班禅是追认的。四世班禅圆寂后，后藏托布加溪卡的一位幼童被认定是他的转世灵童。这样，格鲁派又建立起一个班禅活佛系统。1713年，清康熙帝正式册封五世班禅为“班禅额尔德尼”，并赐金册金印。从此，历代班禅额尔德尼须由中央政府册封方得以确认，也成为一项定制。班禅额尔 德尼活佛转世系统取得了与达赖喇嘛转世系统平等的宗教地位。
